Las actividades a través de las cuales se ejerce el liderazgo y la rectoría en salud tienen como meta mejorar la atención de salud y la salud pública, alcanzando sus efectos a los niveles nacionales y subnacionales. La SSA es la institución rectora del sistema y en ese carácter elabora las Normas Oficiales Mexicanas (NOM), donde se establecen los contenidos específicos de la regulación sanitaria nacional y de los servicios de salud, coordina los esfuerzos interinstitucionales en salud y es responsable de concentrar y analizar las estadísticas nacionales de salud, que permiten medir los avances, retos y obstáculos que enfrenta el sistema nacional de salud.

Para los fines de la cooperación de la OPS/OMS, en esta área se identifican las siguientes cuatro prioridades de trabajo:
1.1. Mejoría de la calidad y del desempeño gerencia
1.2. Medicamentos y tecnologías en salud
1.3. Sistemas de información en salud
1.4. Globalización y salud

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